南京财经大学档案馆馆藏档案分为五个全宗。分别是：全宗一原南京粮食经济学院、全宗二原南京物资学校、全宗三原江苏财经高等专科学校、全宗四原江苏经济管理干部学院以及全宗五南京财经大学。

全宗一，原南京经济学院档案，包含：从1956年到1999年期间的包括1956年开始创办的南京粮食学校、1981年更名为南京粮食经济学院以及1993年更名为南京经济学院的文书档案、出版档案、基建档案、教学档案、科研档案等，共计2768卷。

全宗二，原南京物资学校档案，包含：从1964年到1999年期间文书档案、基建档案、教学档案，共计644卷。

全宗三，原江苏财经高等专科学校档案，包含：从1986年到1999年期间的文书档案、基建档案、教学档案，共计1267卷。

全宗四，原江苏经济管理干部学院档案，包含：从1985年到1999年期间的文书档案，共计207卷。

全宗五，南京财经大学档案，包含：从2000年到现在的党群类、行政类、教学类、基建类、财会类、外事类、科研类、设备类档案等。

南京财经大学档案馆藏档案包含了从1956年至今的党政管理、教学、科研、基建、出版类档案等诸多方面，真实记录了建校60多年的发展历程，为学校工作查考、领导决策、编史修志、学术研究等提供了可靠的历史凭证和参考资料。